U Bosni i Hercegovini fudbal se počeo igrati za vrijeme Austro-Ugarske vladavine, 1908. godine, kada je prva lopta donesena u grad na Neretvi, Mostar. Do Prvog svjetskog rata, već su bili formirani klubovi u Mostaru, Sarajevu, Banjaluci, Tuzli, Zenici i Bihaću. Prva takmičenja započela su 1908. godine. Za vrijeme Kraljevine Jugoslavije, broj klubova i igrača rastao je iz dana u dan. Na nivou Drinske i Vrbaške banovine postojali su fudbalski savezi. Nakon drugog svjetskog rata formiran je Fudbalski Savez SR Bosne i Hercegovine kroz organe za fizičku kulturu republike. Fudbalski Savez SRBiH bio je u sastavu Fudbalskog Saveza tadašnje SFRJ. U to vrijeme fudbal je bio organiziran u svim kategorijama i na različitim nivoima (republička, regionalna, međuopćinska i općinska liga). Najbolji klubovi učestvovali su na saveznom nivou u prvoj, drugoj i trećoj ligi. Timovi iz bosanskohercegovačke prve lige bili su nekoliko puta šampioni SFRJ: FK Sarajevo (1965/66 i 1984/85), FK Željezničar iz Sarajeva (1971/72). FK Velež iz Mostara i FK Borac iz Banjaluke osvajači su kupa Jugoslavije - Velež 1981. i 1985. godine, a Borac 1987. 900 klubova učestvovalo je u strukturi Fudbalskog Saveza. Na međunarodnoj sceni, najdalje je došao FK Željezničar, koji je igrao u polufinalu UEFA kupa 1985. godine.

U Aprilu 1992, NSBiH je podnijela zahtjev za primitak u članstvo u FIFA i UEFA. Zbog rata, NSBiH je primljen u puno članstvo FIFA-e i pridruženo članstvo UEFA-e, tek 1996. godine. 1998. godine u Dublinu, Irska, NSBiH postaje punopravni član UEFA-e. Tako su domaći klubovi dobili šansu da učestvuju u kupovima UEFA-e. U periodu tranzicije, 1997/98, odigran je play-off u kome su učestvovali klubovi NSBiH i NS "Herceg Bosne". Prvi šampion bio je FK Željezničar, koji je u finalu savladao FK Sarajevo sa 1:0. U sezoni 1998/99, play-off nije odigran, ali već u slijedećoj sezoni u play-offu učestvuju klubovi iz cijele Federacije BiH, izuzev Republike Srpske.

15. aprila 2000. godine, održana je generalna skupština NSBiH na kojoj je donesen novi statut saveza. Predstavnici FS Republike Srpske nisu učestvovali na ovoj skupštini, i zbog toga je UEFA suspendovala njihove timove iz play-offa (1999/2000). U međuvremenu, sve reprezentacije ("A", "A2", U-21, U-18, U-16, futsal, ženska i ženska U-18) učestvuju na svim takmičenjima FIFA-e i UEFA-e. Reprezentacije igraju i međunarodne prijateljske utakmice.